Upravna enota opravlja upravne naloge in pristojnosti z delovnih področjih: 

• Ministrstvo za finance
• Ministrstvo za notranje zadeve
• Ministrstvo za zunanje zadeve
• Ministrstvo za pravosodje
• Ministrstvo za obrambo
• Ministrstvo za delo, družino in socialne zadeve
• Ministrstvo za gospodarstvo
• Ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano
• Ministrstvo za kulturo
• Ministrstvo za okolje in prostor
• Ministrstvo za promet
• Ministrstvo za šolstvo in šport
• Ministrstvo za zdravje
• Ministrstvo za visoko šolstvo, znanost in tehnologijo
• Ministrstvo za javno upravo

ter druge z zakoni določene upravne naloge.

Zaradi funkcionalne povezanosti z ministrstvi sta na Upravna enoti Izola organizirana dva oddelka in referat:

• Oddelek za upravne notranje zadeve
• Oddelek za obče zadeve, okolje in prostor
• Referat za okolje in prostor